檢方認為，邱毅在事證明確下，仍否認犯行，顯無悔意，不珍惜在媒體長期發言的機會，明知自己的言論對社會大眾影響力甚高，卻僅為求打擊政治主張不同而執政的高雄市長陳菊，竟「以言論自由為盾，以破壞政府令譽為劍」，惡性甚深，破壞社會秩序甚鉅。
起訴書指出，邱毅於今年二月二日先在中天電視台「俠客開講」節目，同日晚間又在TVBS「2100掏新聞」節目中，分別公開指稱「企業到高雄投資，必須向高雄市政府的公務員送紅包、招待其飲宴或給予好處，才可以讓公文處理程序加速，造成企業界感到困擾而不願到高雄投資，更因此使得高雄經濟難以發展」云云；也讓不特定人士認為，陳菊擔任市長的高雄市政府多有收紅包、付活動費及上酒店等未依法行政的情事，引起高雄市政府嚴正澄清並具狀提告。
邱毅：針對公共議題客觀評論
邱毅調查時具狀辯稱，他所言均有所本，都是針對公共議題提出客觀合理的評論，並提出有多名高市府官員捲入弊案為例；但因邱毅所列的大部份人士，其犯案期間並非陳菊任職高雄市長期間的高雄市政府，因此未獲檢察官採信。