內政部民國98年6月召開改制審查會，通過當時的台北縣升格為直轄市（新北市），審查委員曾做成附帶決議，建議朝北北基合併的方向發展。
李鴻源表示，時空環境轉變，北北基（台北市、新北市、基隆市）合併難度太高，新北市與基隆市合併比較有可能。
對媒體報導，黨政高層決定加速推動基隆市併入新北市，一舉解決基隆可能敗選危機。李鴻源上午受訪表示，基隆與新北市合併與否，與選舉「毫無關係」；就城市翻轉而言，基隆的發展必須與新北市沿海地區做通盤規劃。
他說，基隆的民意代表與民眾，都曾表達希望與新北市合併，地方制度法有合併的法源，內政部鼓勵地方討論，也會進行民調，做為未來規劃參考，並研究是否可透過公民投票法發起合併案公投。
李鴻源表示，內政部會研究讓外界知道能否發動合併案公投；若可以發動，由誰或哪個單位發起，則回歸公投法規定。
他說，基隆與新北市合併與否，要看2個縣市的意願、因勢利導，內政部沒有定見，也沒有設定期程；原則上「由下而上」，若大部分民意支持，內政部樂觀其成，也會扮演協助與輔導的角色。
至於內政部是否主導推動？李鴻源表示，「不希望內政部主動」，若地方政府沒有提出，但內政部又感受到非常強的民意後再說。