立委質疑違反公務人員俸給規定
李應元質疑，這筆預算編列過度浮濫，有無風險性職務的員工都可以領，天底下哪有這麼好的事情，要求核研所全面檢討。
核研所每年編列的「核能職務加給」，也遭立法院預算中心點名，根據公務人員俸給法第五條規定，「加給必須針對主管人員、職責繁重或工作具危險性者為限」，但核研所的核能職務加給對象，包括編制內所有職員及技工、工友，同時未考量工作是否具有危險性或工作環境輻射量值，顯然不符合法規。
核研所稱院區都是輻射監管區域
核研所所長馬殷邦回應表示，核研所是經過行政院報核通過的核能輻射監管區域，代表整個院區都是危險區域，目前核研所院區內仍舊有許多運作中的核設施，例如研發核醫藥物的加速器，舊爐體等待拆解，還有一些工業、農業與醫院的放射性廢棄物，以及用過核燃料的處理等，人員進出也比較危險，因此「核能職務加給」十幾年來就已經存在，且全區從所長至工友都有。
根據核能研究所一○二年度預算書，人事費共編列十三億一千六百七十五萬元，其中「核能職務加給」就高達兩億七千七百一十六萬元，占總人事費用的二十一％，發給對象包含核研所正副所長、研究員、技術員、行政人員、雇員、技工與工友。
其中核研所長每月加給高達六萬四千六百六十元、行政人員每月六千八百元至兩萬六千元不等、雇員每月六千元至九千元不等、技工每月六千八百元、工友每月也有四千兩百元。
李應元表示，應該全面檢討不合理的福利制度，要求核研所提出準確的加給適用對象，其餘不在範圍內的全數刪除。