有人質疑，特偵組沒有搜索林的祕書長辦公室，被認為「草率」、「放水」。事實上，司法實務搜索需視案情的需要、急迫性而實施，如果未經搜索即可獲得證物保全，就沒有搜索必要。
以當年查黑中心偵辦國務機要費案為例，陳瑞仁檢察官曾赴總統府，請求總統府提出相關原始憑證及發票收據，經陳水扁同意後提出，陳瑞仁依法扣押。其實，陳瑞仁當時已寫好搜索票聲請書，如果扁拒絕，就會搜索總統府。
同樣的，林益世因涉貪在七月二日被羈押，他在辦公室的物品，行政院在檢方的要求下已然交付，特偵組自然沒有必要再搜索辦公室。
此外，北檢偵辦扁婿趙建銘涉及台開內線交易案時，在搜索趙的辦公室後，取得涉案的事證。考量比例原則，沒有擴大去搜索與趙相關的民生住所、玉山官邸。可見搜索只是偵查的手段之一，不是必然要執行，檢察機關對扁家與對林益世沒有不同待遇。
至於同樣是涉貪的林益世、陳水扁，為何林能交保，扁卻不能交保？難道司法因黨、因人而異？
相較林案，扁案案情既多且雜，牽涉的證人及被告也多。而林案則相對單純，證人、被告並不多。法院認為林案的證人、被告均經檢方訊問完畢，沒有羈押必要，才裁定重金交保。
況且特偵組當年偵辦扁案，扁當時也曾一度獲交保。檢方提起抗告，扁才又被法院裁定羈押。而林益世獲交保後，特偵組同樣也提抗告，雖然最後結果尚不得而知，但其間有任何差別待遇嗎？
基於無罪推定原則，林益世獲法院交保並不顯得特別。他未來若是與扁一樣被法院判決有罪確定，除非他「消失」，否則也難逃坐牢命運。同理，屆時如果林要獲保外就醫，也必需依據法律規定行事。