雲林縣政府指出，有關行政院環保署１０月２６日回應縣府新聞稿中，提到「雲林縣政府刻意隱瞞六輕排放量數據來源」，縣府提出以下說明：
1. 關於六輕設備元件VOCs排放量以法規排放係數計算為19,799(噸/年)之數據，為本縣環保局執行環保署補助計畫(「97年度加強離島工業區空氣污染物整合執行計畫」)之研究結果。該研究成果亦為環保署「六輕計畫總體評鑑研討會議」99年10月28日會議資料所引用，正是為了探討產官學界關注之環評核定排放係數與法規排放係數計算結果的差異。惟該數據並未列於環保署「六輕營運十年總體評鑑計畫 (報告定稿本) 」，此部分之資料何以漏列？本府無從了解，更非本府所隱瞞。
2. 本縣環保局每年依環保署規定將查核資料建檔於「固定污染源資料庫」、「清查資料庫」及「空污費資料庫」，惟建檔資料欄位中並無NMHC之資料。而環保署TEDS引用何資料庫欄位？如何將資料庫中VOCs排放量換成NMHC排放量(即推估公式、引用係數等等)？皆未明確讓地方環保單位、學術機構、事業單位及民眾了解，故非本府所能說明。該NMHC排放量既非本府所推算，本府如何捏造該數據。環保署新聞稿所稱VOCs 16,131公噸及3,965公噸，是否為TEDS資料(TEDS僅有NMHC排放量而無VOCs排放量)?是如何計算推估而得?非本府可查明、了解，本府無法說明。
3. 檢還環保署10月24、25日發布之新聞中使用「死不認錯」、「假雞毛當令箭」等用詞。建請參酌「公務人員品德修養及工作潛能激勵辦法」第四條第二款。