吳副總統辦公室澄清函表示，最高法院檢察署特別偵查組偵結林益世案，已證實吳副總統與這個案件完全無關。
媒體報導，「樁腳吳門忠涉吃紅，檢未傳吳敦義」，澄清函指出，報導諸多錯誤，「吳門忠96年選舉已成為民進黨樁腳」。
澄清函說，吳門忠確有在90年、93年立法委員選舉幫忙，吳副總統十分感謝，但96年立委選舉時，吳門忠出任民主進步黨立委候選人林耘生競選總部顧問團副團長。
吳副總統辦公室還附上一份林耘生於96年11月17日競選總部成立大會邀請函，吳門忠名列其中。
澄清函表示，吳門忠自96年已成為民進黨樁腳，在單一選舉區來說，已與當時擔任立委的吳副總統站在對立面，「99年發生的事怎可能找上吳院長？」
此外，澄清函也強調，媒體報導，「10年前（民國90年）吳敦義回南投選立委時，吳門忠贊助140萬元交付吳敦義小姨子郝英嬌」，也是錯誤報導。
至於另有報導，「副總統吳敦義夫人蔡令怡曾打電話給吳門忠打探內情」，澄清函也表示這是錯誤報導，但其他媒體仍引述不實報導，吳副總統要求更正澄清。
澄清函表示，相關含血噴人、無中生有的爆料，勿再以訛傳訛，「吳副總統上述聲明如今證明句句真實，禁得起任何檢驗」。