而宣稱擁有竹島主權的日本當局隨即向南韓駐日大使發出正式抗議，日本內閣官房長官藤村修並召開記者會表明，「日本擁有竹島的領土主權，因此完全不能接受南韓方面的舉措」。日韓兩國關係勢將因此更加緊繃。
南韓國會國防委員會發布的照片顯示，登島的國會議員們手拿標語布條高喊口號，上面寫著「獨島是我們的島嶼。我們會捍衛它。」
日本內閣官房長官藤村修曾在前一天敦促南韓國會議員取消此行，他對呼籲未獲理會感到「極為遺憾」，並提出強烈抗議，同時敦促韓方避免未來再發生類似事件。
南韓總統李明博先前曾不顧日本政府反對，在八月十日親訪獨島，成為南韓一九四八年獨立建國以來，首位登上獨島的南韓總統。當時日方反應強烈，指稱李明博蓄意挑釁，還召回駐南韓大使，使雙邊關係極度緊繃。