馬英九總統聞訊後立即致電行政院及衛生署，要求做好緊急安置與後續治療，同時對罹難者深表哀悼。衛生署長邱文達則於上午八時搭高鐵南下探視傷者，並發送死者家屬五萬元，傷者家屬兩萬元慰問金。
昨天凌晨三時許，署立新營醫院北門分院附設護理之家靠南側的雜物間突冒出濃煙與火舌，護理之家嘗試用滅火器及自動灑水滅火但無效，消防局在凌晨三時廿九分接獲報案，第一批人員在三時卅八分趕抵現場時，整棟北門分院建築物已籠罩在陣陣濃煙中。
四層樓建築的醫院，二樓委外經營護理之家，四樓精神科病房，火災發生後，四樓護理站隨即將四十五名住院的精神病患者安排搭電梯下樓疏散，安全逃出，僅兩人輕微嗆傷。
二樓護理之家則沒這麼幸運。位在二樓北側的護理之家隔成十一個病床區，住了六十九名患者，九成以上失能插管病患，濃煙從南側雜物間飄向北側病床區，患者無助躺在床上，有的長者眼睜睜看著煙飄過來卻無法移動身軀無助等死，讓人鼻酸。
消防員挺進護理之家救人，輪椅患者直接推到天井區，由消防員從二樓把輪椅抬出戶外，臥床患者以被單包裹，四人一組各拉一角，抬到院外空地，救護人員不斷進進出出，「抬到後來雙手都軟了，真的很慘！」
火勢在凌晨四時十六分獲控制，但六十多名患者的搶救作業仍持續，患者送到空地，救護人員忙進忙出，持續為不斷送出來的患者施行ＣＰＲ，希望把握黃金救命時間，從死神手裡救回患者，整個偌大的院前廣場有如野戰醫院。 原本起火原因不明，後來案情急轉直下。案發後不知去向的患者林基雄在北門分院附近空屋被警方尋獲，進而坦承因心情不好，凌晨三點多拿衛生紙和被單到二樓雜物間點火燒，還把上衣脫下來一起燒，火勢卻一發不可收拾，他嚇得逃走，因為太害怕，躲進草叢時把身上的長褲也脫掉丟在一旁。
北門分院附設護理之家現場負責人羅麗華表示，六十七歲的林基雄有大腸癌、膀胱癌，身上有腸造口及膀胱造口，連日來常抱怨皮膚癢，廿二日才帶他去佳里奇美醫院看診，回到護理之家並無異狀，竟因縱火燒出十二條人命，羅麗華坦言，乍聽腦袋一片空白，不知如何是好。