預算中心對教育部民國102年度預算評估報告指出，為使大學延攬優秀人才而實施彈性薪資制，但受補助的台灣大學、清華大學等12校，99學年度及100學年度受補助學校實施彈薪制人數分別為2524人及3113人，用於現職教師加薪分別為2498人及2955人，新聘人才26人和158人，其中新聘國外人才16人及53人。
預算中心說，受補助學校多將彈性薪資用於對現職教師加薪，不符延攬國外人才、留住國內人才計畫目的，且國外優秀人才延攬不足，不利提升整體研究質量。
教育部接受記者訪問時表示，台灣提供給國際人才的薪資結構缺乏退輔、年資等誘因，也欠缺教學時數、研究經費等配套津貼，健康檢查和意外保險等津貼標準也未鬆綁，加上配偶就業、子女安置等相關行政措施不友善，都使台灣延攬國際人才遭遇困境。
教育部說，未來將規劃薪資待遇，希望納入退輔機制，部分薪資以績效核算，並透過人才延攬委員會，協調各部會政策和修法，提供禮遇措施，如放寬就業限制、提供眷屬照護配套等，吸引國際人才。
民主進步黨籍立法委員邱志偉表示，台灣教師薪資普遍低於香港、韓國與新加坡，導致人才出走，才有彈薪計畫；從執行成效看，經費平均分配的結果效果有限，留下的人才不多，延攬國外人才也很少，彈薪制成為變相加薪。
中國國民黨籍立委陳淑慧說，預算使用應符合計畫目的，教育部須提出績效報告，22日立法院教育及文化委員會將審查教育部預算，她會質詢計畫執行方式與成效。