清大科技法律研究所副教授黃居正指出，國內適用保護條例的法定原住民族共十四族，受保護的內容包括宗教祭儀、音樂、舞蹈、歌曲、雕塑、編織、圖案、服飾、民俗技藝或其他文化成果等十大類，不過，必須經「主管機關認定並登記」，才能受到保護。
為避免部分原住民族因經濟與社會資源有限，或傳統智慧創作處於流失、需要保護狀況，卻沒有原住民族或部落提出申請，相關子法也規範，主管機關有積極介入的權能，包括協助申請等。
創作權收入 以部落利益為目的
智慧創作專用權的收入，必須以原住民族或部落利益為目的，設立共同基金，以確保授權等收益，可用來繼續推動傳統智慧創作的保存與保護。
不過民間司改會執行長林峯正律師、前律師公會全國聯合會監事林振煌律師都認為，原住民傳統智慧財產權溯及既往，可能有爭議。
林振煌律師指出，一般法律都規定不溯及既往，避免新法實施後，舊法施行時的事項統統無效，可能會引發社會混亂和法律爭議，如原住民的智財權要溯及既往，「那以前人家賣的原住民產品，是不是都不能賣了？」
另外，林振煌和林峯正還表示，保護後的權利該歸誰，也是另一問題；林振煌等律師說，智慧財產權是以人為保護對象，傳統技藝要如何界定是誰創作的，權利要歸屬全民還是特定原住民族，可能都要詳加考慮，如歸屬於特定團體，可能會產生其他法律糾紛或訟源。
靜宜大學法律系助理教授林淑雅長期鑽研原住民法律，她指出，保護原住民智財權要溯及既往的用意，應指相關法令施行後，就不能再濫用原住民智財權，但不會去追究過去的責任，這樣雖然可能會影響到既得利益者，並減損以往濫用者的利益，卻是符合公共利益的做法，等於國家承認過去漠視原住民的智財權。
至於未來該找誰授權或協商，林淑雅認為可找已登記保護申請並獲得確認的原住民代表或長老群。