立法院經濟委員會今天邀請陳保基進行專案報告，並備質詢；針對農委會規劃改變補助口蹄疫苗政策，多位立委質詢時紛紛炮轟。
陳保基表示，從民國86年發生口蹄疫至93年，期間農委會並未補助豬農施打口蹄疫苗，92年一度還被世界動物衛生組織（OIE）宣布台灣為注射疫苗的非疫區。
針對政府於93年開始補助口蹄疫苗補助背景，陳保基解釋，主要是因為當時中央畜產會有個產業服務基金配合政府共同提供補助，但農委會近兩年來抽檢養豬場豬隻抗體發現，30%豬場未施打疫苗。
陳保基說，農委會今年修訂口蹄疫防治辦法，未來將停止補助口蹄疫苗，改以對達到防疫標準的養豬場進行獎勵，反之則開罰。
中國國民黨籍立委楊瓊瓔質詢時強烈呼籲，口蹄疫苗原先的補助政策不能停，但要調整方式、落實監督，才不會浪費納稅人的錢。
陳保基強調，預算不能用在沒有效的地方，「我們前幾年都是沒有效」。
立法院經濟委員會今天會中通過臨時提案，提案內容指出，有鑒於國內口蹄疫苗補助逐年下降，明年度甚至不再事前補助，嚴重衝擊養豬戶生計；因此要求農委會未制定監督及執行配套方案前，不應取消口蹄疫苗補助，以協助養豬戶共渡難關。
對此，陳保基表示，尊重立法院經濟委員會的決議，未來會規畫完整配套方案，在相關配套出爐前，他承諾不取消口蹄疫苗補助。