成員約1萬2000人的莫洛伊斯蘭解放陣線，將放棄在民答那峨島（Mindanao）建立獨立的國家，換取在當地建立新的政治實體。
不過，莫洛伊斯蘭解放陣線領導階層、政府和獨立觀察家警告，通往和平的路上仍充滿障礙，今天簽訂的協議不保證能結束衝突。
簽署協議前，艾奎諾三世的首席和平顧問戴勒（Teresita Deles）告訴法新社：「現在達到這個階段，我們在某種程度上鬆了口氣，相信我們走在正確的道路上。」
「我們也面臨挑戰，因為我們前頭還有艱鉅任務。」
穆斯林反叛團體一直為爭取民答那峨島完全獨立或自治奮戰，他們認為在西班牙基督徒1500年代開始統治菲律賓前，民答那峨就是祖先的家園。
多年來，天主教徒大量移民至民答那峨島，使得島上目前約400萬至900萬穆斯林成為少數，但在部分地區仍是多數。在計劃成立的新自治區，穆斯林將居多數。
內亂迫使資源豐富、農地肥沃的民答那峨島大片地區陷入赤貧。
據估計約15萬人在衝突中喪生，其中大多數死於1970年代的全面戰爭。
莫洛伊斯蘭解放陣線和政府2003年停火，大體上維持和平，但過去10年間仍偶然爆發致命暴力事件。
莫洛民族解放陣線（Moro National Liberation Front）1996年和政府簽訂和約後，莫洛伊斯蘭解放陣線是規模最大、也是最重要的剩餘反叛團體。
計劃成立的新自治區將取代舊自治區。部分莫洛民族解放陣線領袖對失去權力基礎表示憤怒，揚言準備再次拿起武器。
仍想爭取獨立的莫洛民族解放陣線和小型伊斯蘭團體，可能發動新攻擊，是和平進程的潛在威脅。
另1個可能威脅來自天主教政治人物和商業領袖。由天主教徒主導的菲國國會，必須批准成立新自治區的法律。
不過專家認為，菲國史上最受愛戴的總統艾奎諾三世，或許能夠說服國內佔多數的天主教徒支持和平計畫。
雙方設定2016為最終解決衝突的截止期限，因為屆時艾奎諾三世6年任期將滿，依據憲法必須下台。