今年3月發生大學教授涉及假發票事件，讓學研經費的使用重新受到檢視。國科會主委朱敬一15日指出，國科會先前已調整經費的「流用彈性」，這次另對「支用彈性」及「強化內控」定出規範。
朱敬一指出，例如生命科學領域常需要長時間做實驗，晚上要離開實驗室時可能已沒有公車或捷運可坐，但依照行政院現行規定，這筆支出不在經費支付範圍。因此，國科會訂出支用彈性，以總額2%、且一年不超過新台幣2萬5千元為限，個人剩餘部分則由學校統籌運用，以增加運用彈性，他說：『(原音)他還是需要單據報銷，但是可以不受行政院一些現有規範限制。比如說行政院說一定要急要公務、公車不能到才能坐計程車，但是有些研究的需要可能要突破這個彈性，所以我們把這個彈性放寬。』
此外，過去計畫審核時，只有是否准許核銷的二分法制度，但易產生模糊地帶，國科會現在加入「由機關管理費扣回」，也就是拉高層級，減輕承辦人員的審核壓力。同時，如果因內部控管不佳，造成經費浮報，國科會也訂出學校需繳回浮報總額1到3倍的管理費規範。該計畫8日經行政院通過，完備後可溯及10月1日起算。