黃季敏被控任內涉及採購案收受回扣。檢調8、9月間展開3次搜索行動，在黃住處及辦公室查獲超過20塊、重逾18公斤的金塊，以及7條金飾、現鈔新台幣300多萬元及多種外幣，並扣押他匯往新加坡的3500萬元。
檢調8月底約談黃季敏、黃妻陳素霞及胞兄黃文宙、3名承辦公務員及廠商等22人，黃季敏遭檢方聲押禁見獲准。黃季敏在檢方多次偵訊時否認收賄，強調清白。
檢方懷疑，黃季敏涉嫌隱匿經手的採購案公文，並在卸任後將公文正本攜出消防署，上午指揮北機站兵分3路搜索黃季敏住家等地，帶回部分證物，正過濾是否有相關公文。