北榮日前公布診斷報告，指出前總統陳水扁患有重度憂鬱症合併焦慮、重度阻塞性睡眠呼吸中止症、攝護腺疾病等問題，應儘速轉至精神科醫院治療。北榮9日表示，已將檢驗報告送交台北監獄，而北監近日也持續勘查北部幾間醫院，據傳可能轉到淡水馬偕。
陳水扁11日透過辦公室發出聲明稿表示，北榮的心身科主治醫師基於專業立場，多次明確地向他本人、獄方及法務部建議到南部醫院進行後續治療，但由於矯正機關有不同考量，加上他在住院期間已與醫療團隊建立良好的醫病關係，因此他願意繼續留在北榮住院治療。
不過，陳水扁的兒子陳致中指出，雖然陳水扁同意繼續在北榮住院治療，但他仍會持續為父親爭取保外就醫或轉至南部醫院治療。他說：『(原音)我們會繼續爭取，那當然第一個，以他目前的狀況，我們認為說依法是符合保外就醫啦，這個部份我們也會按照規定來申請、來做爭取。那第二個就是說到南部來就醫，對於我們家屬要來就近照顧他有比較大的便利性。』
此外，對於近日治療過程的紛擾，陳水扁也透過新聞稿表示，他相當感謝北榮及北監在住院期間對他的照顧；至於住院檢查期間對北榮所造成的不便及困擾，他則深感歉意。