施行細則明文規定，證券交易所得必須以「個人」為單位來計算股票損益，即使是夫妻、扶養人和被扶養人為同一申報戶，也不能互抵。另外，欲選擇核實課稅的投資人，必須在今年十二月十五日前，向證券戶所屬證券商申請選定課稅方式，若未主動選定，一律視為「設算扣繳」。
政大金融系教授殷乃平表示，以個人為申報單位，自然不是問題，但整體而言，施行細則還是漏洞百出，癥結點在於「修正動議版」證所稅的規劃已經有很多毛病，暴露出政府對股市交易的實際狀況沒有深入了解，才會搞出一個不易執行的法制。
舉例來說，「修正動議版」規定，證券交易損失僅於限當年度扣抵，光是這點就非常不合理，國外做法普遍是，三年之內的證券交易所得可以滾轉扣抵，只有台灣反其道而行。許多投資人是長抱股票很多年才有獲利的，或是今年賺錢，明年虧錢，明年卻可能是要繳稅。
另外，「設算所得」規定股價指數八千五百點以上才課稅，但只要股市快來到八千五百點，投資人為了規避證所稅，就會賣掉股票，搞到最後就是股市根本很難站上八千五百點大關，要漲也漲不起來。
殷乃平也質疑，即使股市真的來到八千五百點，散戶賣股後獲利，但之後又跌破八千五百點，散戶又虧錢，那這樣還要煩惱該選擇設算所得還是核實課徵，相當擾民。他也提到，以施行細則的做法來看，國內券商一定會增加很多作業成本，說不定還要為此改變或新增電腦軟體，而且萬一課不到稅，成本又要怎麼吸收、計算？
殷乃平說，財政部不斷強調「先求有再求好」，結果在國民黨立委趕鴨子上架後，雖然有了證所稅，卻是如此結果，他認為財政部的立場也是無可奈何，但在懂租稅的人看來，已變成一個笑話。