國道計程收費是所有使用國道者都要付費，根據交通部提出的3個方案，免費里程最長是20公里，對現在免付費的國道中，受影響最大的是國道6號及10號。
因國6及國10都超過30公里，即使採用免費里程20公里方案，仍要收費21元及17元。
交通部也提出配套措施，將針對國6及國10現況交通需求，試辦3個月新闢及調整國道客運路線。
交通部計劃調整國6南投至埔里的國道客運路線，部分班次開行直達車行駛國道，並依一般公路客運路線給予營運虧損補貼。
另因應仁武至燕巢、旗山，及旗山至燕巢現況用路需求，交通部也打算調整部分行駛國10的旗美快捷公車路線停靠點，並給予業者虧損補貼。
根據交通部高速公路局提出的3種國道計程費率方案，第1種是均一費率，每公里新台幣0.82元；第2種是10公里免費里程，免費里程後每公里1元；第3種是20公里免費里程，前200公里每公里1.2元，200公里後每公里0.9元。