公文流程透明化，最大的好處就是不讓公務員打迷糊仗，減少公務員以程序問題來刁難民眾。曾有民意代表就說，公文流程不透明，即使民代請託，沒有繳規費，案件還是會被承辦人員丟在抽屜。
公文流程不透明，承辦人員動輒以程序問題刁難民眾，擴大行政裁量權，衍生茶水費、規費等陋規，甚至個別收錢。
另一方面，雖然送審案件是合法申請，但背後有民眾檢舉、陳情等，以致公務員不願面對輿情壓力，公文常常是能壓多久算多久。最後兩手一攤，無法決行，反而造成合法申請者的權益損失，這些都是公文不透明的後果。
曾有建商申請使用執照案件，承辦員一直刁難，拖了一年多還沒發照，最後承辦員以案件有人檢舉，不敢揹負責任；案件移轉給其他承辦人後才順利發照，只是數十億元建案被拖了一年多，建商損失不少，但建商為了日後還有案件要申請，大多不敢吭聲。
公文流程透明後，只要是合法申請案件，即使有民眾陳情、檢舉、抗爭等背景在，承辦員還是要依法發照，局處首長也要負起擔當，別讓基層人員扛責任。