海基會秘書長高孔廉目前月薪約廿三萬元，已高於一般部會首長十九萬元。
立委邱議瑩等人追問王郁琦，陸委會究竟要如何核定林中森薪資？王表示，程序上是先由海基會訂出薪資標準，若高於部會首長，陸委會將組成學者專家小組審查，目前海基會尚未將結果送至陸委會，未來會請學者考量現行薪資結構和社會觀感，林本人也已表示不宜過高。
立委陳其邁批評，馬總統都說林中森是「白紙一張」，顯然林不具「特殊專長」，未來支薪不應比部會首長高；國家經濟情況不好，不如和油價一樣，改採浮動薪資。
管碧玲還要求，未來海基會不得向台商募款補貼董事長薪水，否則會有利益衝突；王郁琦則說，海基會以什麼錢支付董事長薪水，「原則上尊重海基會」。
立委黃文玲質詢時呼籲，既然林中森不在意薪水，未來應捐出薪水。林則回答，他是說不計較，不是說不用生活；他一輩子擔任清清白白的公務員，還是需要薪水才能生活。
陳其邁等在野黨立委提案，建議陸委會不予核定薪資，但藍委反對，提案最後交付表決，被國民黨以六比四否決。