政府一再宣示護漁決心，卻傳出海巡署艦艇油料經費不足。海巡署副署長王崇儀1日在立法院表示，行政院正核定以第二預備金支應油料費用，不會影響護漁任務。王崇儀說：『(原音)目前為止，護漁工作一切如常，但資金缺口，已在動支第二預備金；東海北方海域的巡護不會發生問題，我們就是調整勤務作為，置重兵在北方海域，我們現在會調整業務費，會來支應油料這部分缺口，不會有問題。』
王崇儀也證實海巡署艦艇「連江125號」1日上午在釣魚台海域值勤的消息，並說明勤務執行沒有問題，王崇儀說：『(原音)我們有2艘漁船在釣魚台海域24海浬附近作業，日本公務船來廣播，我們公務船馬上趕過去，現在在旁邊保護，漁船照樣作業。』
有立委要求海巡署儘速改善艦艇裝備，尤其是直升機起降能力以及火砲射控的自動化系統。王崇儀指出，3,000噸級艦艇已發展40機砲自有系統，可完全透過電腦處理射控。
此外，中國時報報導，台灣已拒絕日本所提出在10月上旬舉行漁業會談的建議，理由之一是漁業署尚未準備妥當。對此，農委會漁業署長沙志一答復質詢時表示，漁業署隨時都做好準備；駐日代表沈斯淳也指出，台灣沒有「拒絕」日本，媒體的報導不正確。