南懷瑾在香港的學生魏承思，在二○○○年揭露兩岸密使內幕時，首度披露南懷瑾當年在兩岸高層穿梭、牽線，搭建密使管道的核心內幕。南懷瑾的名字自此從國學、哲學、文化研究領域，橫跨至高度敏感的兩岸密使領域。
南懷瑾雖曾為兩岸當局幕僚在香港搭建溝通平台，但因彼此對後續互動有不同見解，加以李登輝認為南懷瑾對統一有定見，並想運用關係作為前進大陸的踏板，雙方漸行漸遠，終至南懷瑾在密使溝通過程的中介角色漸趨疏遠。
李登輝卸任後，在監院調查密使案時曾說：「蘇志誠當年擔任所謂密使，實屬偶然，因蘇先生認識南懷瑾，而南先生又與大陸重要人士有往來，在南先生處所，逐漸衍生接觸，並就兩岸關係交談，並非自始即有計畫進行。」
曾任李登輝總統辦公室主任的蘇志誠在接受監委約詢過程，也曾提供兩岸當局指派的密使在南懷瑾香港寓所祕密晤談的《協商手札》，其中寫著：「南（南懷瑾）：本人準備《建議書》，由雙方帶回請示，以做下步參考。」
蘇志誠在提供監委參考的《協商手札》提到：「關於南老之《建議書》分成兩段談：Ａ如只給李先生看，除了日期外，應沒有問題。Ｂ如果將來要拿出來當討論文件，則以蘇之名簽字會有問題，因為李先生希望蘇不簽名。」
從李登輝、蘇志誠所提供極為有限的資訊即可窺見，南懷瑾在李登輝、江澤民各自執政初期，因緣際會，扮演了推進兩岸高層幕僚祕密對話的角色，並提供了重要的互動平台，也為後來持續進行的「李江密使」完成牽線作用。
南懷瑾近年來在江蘇「太湖大學堂」潛心推動國學與傳統文化的教育工作。他的哲學思想著作在大陸流傳甚廣，政學工商各界請益者眾，諸多大型企業的老總更將南懷瑾的思想轉化為經營企業的管理哲學，影響層面相當深遠。