立法院內政委員會10月3日邀王郁琦到立法院報告業務並備詢，中國國民黨立法院黨團書記長吳育昇接受記者訪問時表示，王郁琦是國家安全會議諮詢委員，嫻熟兩岸事務，他對王郁琦「很有信心」。
他說，質詢時想了解王郁琦的觀點，如何精準表達總統馬英九思維與做法，及在行政院大陸委員會主任委員賴幸媛基礎上，是否有想延續或突破的地方。
民主進步黨籍立法委員陳其邁表示，王郁琦是外行，不是很清楚狀況，一開始不必想求好，不需急著政策辯護，先了解所有陸委會業務較重要；他建議王郁琦謙虛一點，多請教前輩，民進黨籍立委質詢時「不會對他手下留情」。
台灣團結聯盟黨團總召集人黃文玲說，想透過質詢了解未來如何推動兩岸政策；王郁琦曾說能精準執行馬總統政策，台聯想知道他如何執行？兩岸政策內容又是什麼？