東門站位在金山南路至永康街間的信義路2段道路下方，是地下四層島式月台車站，長約216公尺、寬度38.5公尺，開挖深度約32.5公尺，有8個出入口，其中2個出入口與聯開大樓共構，另6個鋼構玻璃造型出入口都在人行道上。
東門站在古亭站與忠孝新生站之間，民國92年7月1日動工，路線長度雖僅2公里多，卻是施工艱困工區。這些紀錄包括深達72公尺（約24層樓高度）台北捷運車站中最深的連續壁；國內隧道工程首例5條潛盾隧道交疊通過的「麻花隧道」；國內第一次將共同管道工程併同捷運工程同步施工，以避免道路二次大開挖施工的創舉。
東門站通車後，中和線連接新蘆線，營運模式調整為「南勢角─輔大」、「南勢角─蘆洲」。和淡水線「分道揚鑣」後，中和線和新店線在古亭站分流，使得古亭站、板南線忠孝新生站成為台北捷運重要轉乘車站。
另外一項意義在於大幅疏緩日益壅塞的台北車站。依台北捷運公司運量估算，台北車站目前每日平均轉乘旅客約25.7萬人次、忠孝新生站約7.7萬人次。
東門站通車後因應新的分流模式，台北車站轉乘人潮約有5.3萬人次轉移至忠孝新生站，忠孝新生站將分擔台北車站約2成轉運人潮。
東門站是新蘆線及信義線交會站，利用新蘆線往北可到新北市的三重、新莊、蘆洲；或至忠孝新生站轉板南線到板橋、土城、南港及內湖；往南經古亭站到達中和或轉新店線到新店碧潭風景區
未來隨信義線通車後，向東直入世貿商圈，向西到中正紀念堂站接淡水線至淡水，突顯在東西（信義線）向、南北（新蘆線）向轉運的重要性。