文廟管委會幹事王雅伶表示，先前百年老榕樹生病醫治時，周遭就有幾棵榕樹也生病，當時有一併救治，後來老榕枯死後，告一段落。「近來也有接到民眾反映部分榕樹枝葉愈來愈稀疏，但也不知道生了什麼病，將找專家來處理。」
台南社大主任林冠州說，孔廟區內老樹一棵棵生病了，迄今也不見相關單位處理，「再不搶救，不出幾年在孔廟恐怕會看不到老樹。」
社大環境講師晁瑞光說，孔廟的珍貴老樹約有十五、六棵，原本廣場周遭有四棵老榕樹生病了，這幾天又發現大成坊旁現今最大的一棵榕樹也得了褐根病，枝葉也開始稀疏。另外，文昌閣附近三棵芒果樹、一棵龍眼樹也是病懨懨的。
他無奈表示：「四處反映也沒用，若再繼續下去，五年後，孔廟的老樹將會消失不見。」
晁瑞光說，過去孔廟園區包括忠義國小，先後染病死掉的老樹至少十棵以上，其中孔廟地標老榕樹，他於二○○八年發現得了褐根病，並提出警告，也見諸報端，但當時市府不當一回事，過了半年後，才開始搶救，但為時已晚。
他說，孔廟已是褐根病的大毒窟，包括公共工程不當，土壤過度打掃及踩踏，造成土質硬化等問題，迄今未解，市府及文廟似乎仍未學到教訓。