教育部對十二年國教，一○二年準備期編列預算兩百八十八億多元，一○三年實施首年預估需三百卅九億多元、一○四年三百六十八億多、一○五年要三百六十億多元等。
全國教師總工會批評教長對教育經費很外行，理事長劉欽旭表示，ＧＤＰ是公部門加私部門合計，亦即私校生交的學費，或者大學推廣班學生交的學費，都歸學校運用，卻通通被算進教育經費；實質上，公部門教育經費其實只有四．四％，還是包括自籌經費在內，部長的算法形同灌水。
國教經費應專款專用
立委林佳龍也質疑，五歲幼兒免學費卅多億元預算，也加進十二年國教經費項目，難道已是十三年國教？增加的兩百億元，除用於充實各級學校軟硬體設施，也將用於開辦五歲兒童免費入學、免費供應弱勢族群學童營養午餐、推行高職免費入學制度、發展具有特色的大學校院、推動國際交流、逐步齊一公私立學校教師福利待遇等，他要求十二年國教的經費應專款專用。
此外，後年實施十二年國教的總經費三百卅九億多元中，一百七十八億多元用於高中職免學費，用於推動高中職均優質化僅有五十一億元。立委鄭麗君、邱志偉、許智傑等人認為，每個地區的國中畢業生都應有好學校可以讀，因此提案要求從後年起，教育部每年需編列一百億元預算，用於推動高中優質化及均質化。教育部長蔣偉寧勉強同意，盡可能向行政院爭取預算。
目前全國三千四百多所國中、小學，約有一千多校藏書不及一萬本，平均每人分配到的書籍量，國小廿五本、國中廿本；蔣偉寧表示，將加強補助圖書館館藏，目標是使每個學生分配到五十本書。