台灣漁船及海巡署巡邏船於台灣時間上午6時40分左右起到7時50分左右為止，陸續航行在釣魚台列嶼的釣魚台西南西約22公里處，日本認為這海域是日本的「領海」。
針對此事，日本政府在首相官邸（行政中心）的危機管理中心成立對策室處理。
藤村在例行記者會上表示，已向台灣方面提出要求，希望台灣船隻駛離日本領海。
日本防衛大臣森本敏今天在例行記者會上表示，守護領土的安全首先是由海上保安廳及警察負責，如果無法因應的話，再由自衛隊進行海警行動或採取其他行動。
森本敏說，在這期間，防衛省自衛隊該做的是做好有關警戒的情蒐，提供給有關單位。防衛省在蒐集情報時會動用到艦艇或飛機。
日本農林水產大臣郡司彰在例行記者會上表示，台灣漁船在日本領海進行捕撈是非法的，如果事情獲得確認，農水省將加以規範。
不過，他說，目前不是可以捕撈到魚的狀況，要來這海域捕撈，與常識不符。除了捕撈之外，如果有其他目的，農水省將與海上保安廳緊密聯繫因應。
日本媒體指出，上次大批台灣漁船入侵日本領海是在1996年。今天出現在日本鄰接海域的台灣漁船約50艘，還有海巡署的巡邏船。
日本媒體報導，釣魚台周邊海域有中國大陸漁船團、海監船、漁政船，先前還出現大陸海軍的護衛艦，現在又有台灣船，簡直是「前門有虎、後門有狼」。