外交及兩岸相關部會人事異動，國民黨前祕書長金溥聰將接掌駐美代表，陸委會則由國安會諮詢委員王郁琦出任。成功大學政治系教授丁仁方表示，這樣的人事安排有利有弊，最主要是有助於貫徹總統的政策與想法，丁仁方說：『(原音)有高層的信任，能符合馬(總統)的國安布局，馬先生在他能影響的這塊裡做一個主導，我認為是正面的。』
銘傳大學國際長郭壽旺則認為應就事論事，從駐美代表的職務來看待人事問題，郭壽旺說：『(原音)假設美國跟你駐美大使溝通事務時，需要透過非常多層，就是你這個人不是我可以直接依賴或是我能信任的，那駐外人員的功能在哪裡？我們必須要知道，針對一個職位來看這個職位功能的發揮，而不是純粹只是從我們內部的角度來看，誰跟誰好、誰跟誰不好，』
郭壽旺指出，外交是內政的延伸，駐美代表除了要有專業能力，還要能夠全盤掌握政府政策；官僚體系培養出來的職業外交官，則是負責執行外交業務工作。