該機場自二○○九年引進此一在美國廣泛使用的安檢模式，目前是歐洲唯一使用透視掃瞄儀器的機場。如今試用三年期滿，但歐盟委員會仍拒絕發給該機場永久使用透視掃瞄機許可。
這種新的掃瞄設備可以加快機場安檢速度，因為它能讓藏匿在身上的武器、爆炸物等一覽無遺。但是，也會顯示出每位經過安檢旅客「赤裸裸」的體軀，包括隆胸和生殖器清晰輪廓和照片。
雖然機場方面再三強調這些照片不是色情圖片，旅客通過檢查後主管單位會立即將其銷毀，但過去三年來仍有旅客拒絕被「看光光」。
健康考量是另一大爭議。許多旅客擔心其Ｘ光的輻射量，會對人體健康造成影響。
經過三年實驗，歐盟委員會仍不願意核發永久執照給曼徹斯特機場，允許該機場固定使用「裸體安檢」。
曼徹斯特機場安檢執行長哈瑞森表示，他對歐盟委員會的決定，感到「百思不解」，因為掃瞄安檢遠比傳統電子技術安檢和搜身方式，精確有效率。「很遺憾，由於布魯塞爾方面不贊成，我們必需終止透視掃瞄檢查。」。
從十月開始，曼徹斯特機場將恢復以電波、電子，及搜身等傳統方式進行安檢。