台鐵說，退撫制度是造成台鐵嚴重虧損最大負擔，民國88年以前退休者，或現有員工民國88年以前的資歷，要採取舊的退撫制，全部由台鐵負擔。
台鐵統計，現在每年虧損約100億元左右，退撫支出約占60多億元，估計要到民國130年，舊制退撫支出才能全部消化完。
除了龐大的退撫金外，台鐵每年還要負擔老殘愛心票約8億元，另每年舉債的利息也高達10幾億元，而不敷成本的小站，為照顧偏遠居民交通，也是台鐵苦撐，還有自84年以來無法調漲的票價，也靠台鐵自行吸收。
台鐵表示，近幾年台鐵運量持續成長，積極朝多元發展，推動觀光列車、土地結合商業開發等，虧損已有縮小，且多數虧損不可歸責台鐵。
至於獎金編列，台鐵說，完全依照規定辦理，除了每年固定1.5個月年終獎金外，考績獎金甲等1個月，乙等半個月。