十二年國教預計一○三年全面實施，教育部希望實踐「提升教育品質」、「追求社會公平正義」等理想。但立法院預算中心報告指出，十二年國教絕大多數經費全用在支應「全面免學費」，支出比率超過六十％，將導致其他預算項目空間受到壓縮。
報告也指出，目前國中畢業生升學率已高達九十七.六七％，未來每年投入百億元經費實施全面免學費，最多也只能將升學率提高二％，無助平衡城鄉教育資源差距；且全面免學費未加入排富條款，造成齊頭式平等，不符公平正義原則。
除了制度導致不公平外，陳學聖也斷言，十二年國教上路後，可能全面摧毀技職教育體系。他指出，近日來有許多國中老師都向他反應，現在的國三生都等著免試上高中，對產業實習課程興趣缺缺，「叫都叫不動」，沒人想讀技職學校，未來技職人才恐怕更為短缺。
陳學聖說，過去高工、商職等專技學校，替中壢工業區培養了很多優秀的藍領管理人才。如今許多技職學校已預見未來技職學生招生不易，紛紛轉成綜合高中，確保能招收足夠學生。如桃園、中壢地區的育達高工轉型為育達高中、啟英工商改為啟英高中等，都是明顯案例。
十二年國教期望以多元、免試入學，舒緩學生升學壓力，均衡受教權。但立委蔣乃辛與預算中心認為，免試就學區劃分，未考慮學區大小與資源差異因素，經濟上層家庭可移至明星學區周邊設籍，貧困家庭卻無法移動，造成受教機會不均。建議教育部在提倡「均質、均優」時，也應將地理、城鄉差異納入考量。