二○○九年即遭質疑擁有港人身分的馮明珠，當時坦言她因生於香港，故擁有香港身分證，但依香港「入境條例」的規定，非中國籍人士而擁有香港永久居留權者，只要「連續三十六個月」不在香港，就自動喪失其永久性居民身分，「不用宣示放棄」。
指馮應聲明放棄 自簽切結書
總統府昨沿用這項說法，但民進黨立委鄭麗君進一步質疑，馮明珠擔任我國的政務官，不管對方的法律如何規定，都應主動提出申請，「難道擔任台灣的政務官，還要看外國的法律怎麼規定嗎？」
民進黨立委管碧玲也說，我國的政務官絕不能擁有中國籍，馮明珠既然要擔任政務官，應該依「台灣法律」放棄雙重國籍，且應嘗試各種方式去聲明放棄；至少該依第七屆立委自清不具雙重國籍的方式，自簽切結書，再據此向香港政府查證，不能學馬英九的綠卡模式，老拿「自動失效」來搪塞。
鄭麗君則譏稱，自從馬英九提出綠卡自動失效說後，前立委李慶安、前行政院秘書長薛香川、馮明珠都有樣學樣，聲稱其美國籍、綠卡、香港身分證已自動失效，根本就是上樑不正下樑歪，離譜至極。
馮明珠有雙重國籍問題，最早是由國民黨立委吳育昇在二○○九年十月質詢踢爆。吳當時說出生於香港的馮明珠仍是香港公民，「就是中華人民共和國的公民」。當時擔任故宮院長的周功鑫曾為馮明珠緩頰，但吳育昇質疑時仍表示，馮明珠應主動辦理放棄手續，不是在他提出要求後才要處理，且還處理得不乾不脆。
吳育昇昨被問及此事則一改之前的強硬態度，改說相關規定確實如此，馮明珠在三年內未入境香港後，其香港身分證已經自動失效；當年他質詢時，「尚未符此條件」，自然不宜擔任我國政務官；現已無此疑慮，沒理由再反對她。