針對釣魚台爭議，日本駐台機構「日本交流協會台北事物所」今（13）日發表聲明表示，台灣有部分報導指出，由於日本在11日決定將「尖閣諸島」（台灣稱「釣魚台列嶼」）三島嶼的土地所有權由之前的土地所有人移轉為國家以後，台灣漁民在東海一直以來的作業似乎將會受到影響。然而，對於在日本國專屬經濟水域裡的外國漁船的處理方式不會因為日本政府此次的措施而有任何改變。
日本政府希望在各項領域裡落實發展日台務實合作關係，交流協會也會為推進日台間漁業領域的交流與合作，持續加強與台方密切的溝通聯絡與彼此合作。日方也期待，儘早重啟日台漁業談判，就日台雙方關心的議題坦率的交換意見的同時，也能進行建設性的討論，以探索雙方都能接受的合作形式。
此外，關於馬英九總統所提出的｢東海和平倡議｣，誠如日本玄葉外務大臣於 8月7日記者會中所發表的看法，日方也認為，著眼於大局，推動讓東海成為｢和平之海｣的具體合作是重要的。
交流協會指稱，台灣是與日本之間有著緊密的人員往來及經濟關係的重要夥伴，交流協會代表樽井澄夫也在9月11日與台灣外交部長楊進添會見中表示，希望圍繞尖閣諸島的情勢不會影響日台關係的大局。