法務部表示，陳水扁11日赴衛生署立桃園醫院戒護外醫，原排定的尿液檢驗項目，就因陳水扁無法即時解尿而無法完成，桃園醫院醫師同意扁返監後再採尿送驗。但陳水扁返監後，到11日傍晚都沒有解尿，因此台北監獄立即聯繫桃園醫院醫師入監看診。
桃園醫院2名泌尿科醫師約於11日晚7時30分到監診療，經醫師以超音波檢查膀胱尿量，並以導尿方式緩解扁的不適，當時醫師初步判斷扁可能是因身體水分蒸發及胃鏡、直腸鏡檢查前服用瀉劑而造成腹瀉，水分流失所致，導尿後建議先在監繼續觀察。
但因陳水扁排尿情形未見改善，桃園醫院12日下午再指派2名位泌尿科及1名腎臟內科醫師入監為扁診療，並建議監獄戒送扁至桃園醫院做進一步錄影尿路動態機能檢查，經診斷發現扁罹有攝護腺發炎，膀胱排尿功能障礙。
法務部表示，由於桃園醫院建議讓扁住院治療進一步檢查，台北監獄於12日晚間戒護陳住院治療（屬於戒護外醫，尚未達保外醫治程度）。