行政院下午發布新聞稿表示，媒體報導「台南市長賴清德：台南合併升格，中央補助反減」與事實不符。
行政院指出，依據地方制度法規定，中央對地方補助款比較基礎年應是99年度；台南市政府99年度預算數為新台幣357億元，100年度擴增為463億元，101年度相同基礎獲配財源為467億元，102年度相同基礎獲配財源為476億元，中央對台南市的補助款持續增加。
行政院說，中央在計算各地方政府整體獲配財源時，是參酌財政收支劃分法修正草案精神，將中央負擔地方原應負擔的勞健保經費，併入地方獲配的財源計算。
99年12月25日部分縣市業已合併或單獨改制為直轄市，行政院表示，財政收支劃分法及公共債務法修正草案尚未獲立法院通過，目前由財政部研修中央統籌分配稅款分配辦法因應，行政院主計總處則研修中央對直轄市及縣市政府補助辦法，透過一般性與專案補助款，挹注直轄市及縣市政府財源。