政府從一九九九年起，提供離島居民機票票價補貼。政策剛實施時，所有離島居民機票一律八折優惠。此一優惠額度之後不斷成為政治人物競選「政見」，折扣不斷提高。澎湖、金門、馬祖居民如今都可享受七折優惠，七美、望安、蘭嶼和綠島民眾則有六折優惠，政府補貼額度因而年年增加。
官員指出，由於有機票補貼，離島旅台民眾紛紛「響應」將戶籍遷回故鄉，在離島就學民眾則將戶籍遷過去，還經常發生民眾明明已經將戶口遷離離島，仍持已經無效的舊證件享受優惠的情況。
由於此一優惠是「離島建設條例」規定，民航局一度希望改由離島建設基金支應，但遭行政院打回票，這些補貼仍由民航作業基金買單。在國內航線大幅萎縮、機場收入減少下，此一補貼已成為民航基金不小負擔。