行政院組織法已於99年1月12日通過，相關部會也開始進行整併，但整個中央政府的預算員額與人事費用不降反升。據民進黨籍立委李應元指出，99年中央政府總預算正式職員為93392名，102年增加為95031人；同時，人事費用也從3940億元，成長到4258億元，明顯違反推動政府組織改造的初衷，也排擠到公共建設預算，102年重大公共建設預算僅編列1750億元，創下近10年最低。
李應元表示，目前全球經濟景氣低迷，急需公共建設帶動景氣復甦，馬政府竟然沒有子彈因應。此外，物價飛漲、失業率惡化，預計痛苦指數恐怕飆破8%大關，實在令人憂心。
李應元指出，推動政府組織改造的目的，就是要避免過高的人事費，排擠掉政府的建設與社福等支出。並且經由整併相關機關，精簡政府人力，同時改善機關內部人員勞逸不均的情形。但行政院今年開始大幅擴編，將原先各業務「組」擴編為「處」，再增設1個多達6個科的「發言人室」，轄下人員多達94人。還成立「科技會報辦公室」、「資通安全辦公室」、中部、南部與東部聯合服務中心等7個違章建築的黑機關。
李應元表示，各部會原規劃成立50個署或局，現在因僧多粥少，出現擺不平的狀態。許多行政機關挾其豐沛的行政資源，積極對立法院進行遊說，利益交換，以期在部會組織法制定中，爭取較大的編制與較高的官等。因此，目前的組織改造，已淪為各方私利角力的場所，這也難怪員額越來越增加，人事費越編越高。