記者調查發現，台大去年四月起，器捐檢驗白天由檢醫部病毒檢驗室負責，晚上與假日才由有三班輪值人力的緊急檢查室接手；出事當晚是由很少有器捐通報經驗的緊急檢查室負責。當時醫檢師口頭報告方式是「先報數字、再補報判讀結果」。
一名曾處理日間器捐檢驗與通報的台大病毒室醫檢師對記者說，這種報法與病毒室作業流程不同，「很奇怪、不太正常」。
根據一份台大內部調查報告，當時先後有三位器捐小組醫檢師分別向協調師進行口頭報告。第一位Ａ醫檢師，最初只報告愛滋抗體五十六點七等四種病毒檢驗數字，因協調師反映「不想聽數字」，Ａ醫檢師才又「補報」判讀結果，只說Reactive（有反應）的英文，未對愛滋「陽性」結果示警。
該醫檢師表示，白天由病毒室做口頭報告時，通常不會主動報數字，因為一般醫師或協調師，根本不懂檢驗數字的臨床意義，報數字可能反造成困惑。原則上只報判讀結果，若為陽性，則以中文明確警告對方。只有兩種情況下才會例外報數字：一是對方主動追問；二是當檢驗值只略微超過標準值時，才會告知數值處於模糊地帶，並建議是否複驗確認。
雖然監察院報告緊咬協調師手抄檢驗數字高達五十六點七，比標準值一高出甚多，若當時負責醫師柯文哲有看過或協調師受過充分訓練，可及時發現，不至於記載錯誤。
但監委的看法在醫界引發爭議，這位病毒室醫檢師說，即便是感染科醫師也未必能看懂檢驗數字，更何況是器捐小組醫師與協調師。
衛生署已公佈的調查報告明確指出，台大醫檢師的檢驗項目報告順序，與協調師慣用文件（手寫紀錄單）不同，雙方記錄習慣也不同，顯然器捐小組與檢驗單位「一直未就檢查結果之呈現方式與報告或欄位排列順序有過檢討」。
事後台大已統一報告格式
台大醫院指出，衛生署與器官登錄中心過去並未規定口頭報告格式，且緊急檢查室當時亦善盡報告判讀結果之責，案發後台大已統一報告格式與單一窗口。
外傳，當時涉案醫檢師與協調師曾爆發口角，衛生署調查報告則以雙方「溝通過程不順利」、「產生情緒反應」帶過，當時究竟雙方在吵些什麼，報告並未交代。
醫療改革基金會組長朱顯光認為，此案很明顯是系統性問題，過去各醫院都只有粗略的流程，各環節欠缺詳細的標準作業流程。此案，台大相關單位都有責任，衛生署則疏於督導考核，應儘速公佈被列為「機密」的醫策會根本原因分析報告，使真相大白，避免錯誤再度發生。