為了提升醫療人權，二代健保計畫將受刑人歸為第四類第三目的納保對象，引發民間團體質疑其保費將由全民買單。對此，衛生署晚間發表新聞稿表示，矯正機關全額補助受刑人保費，只是將現行提供的醫療責任，改為替其負擔保費，與現況大致相符，且應屬合理。
衛生署健保小組表示，矯正機關替受刑人負擔全額保費，只是將現行所負擔的醫療責任，改以負擔健保費的形式，並無不合理。
依現行《全民健康保險法》規定，在監、所接受刑之執行或接受保安處分、管訓處分之執行者，不符合健保之納保資格，若有上述情形而已參加健保者，應予退保。但其應執行之期間，在2個月以下或接受保護管束處分之執行者，不在此限。
衛生署健保小組表示，上述規定是考量到受刑人的行動受到拘束，沒有自由就醫的可能，如果和一般民眾繳納相同保費，機會造成權利和義務的不對等，而且目前實務上，受刑人若在矯正機關中有醫療需求，矯正機關需承擔責任，由監所提供必要的醫療服務。
不過，二代健保在修法時，立法委員考量受刑人的就醫權益應盡量透過健保體系予以強化，故將受刑人均納入健保之納保範圍。
對此，民間監督健保聯盟發言人滕西華表示認同，但認為受刑人不應該歸類為第四類第三目的納保對象，由矯正機關如法務部、國防部負擔保費，以免形同全民買單，而需依家戶總所得概念，以眷屬身份依附家人納保，或依第六類納保身份自行負擔60％保費。
而衛生署健保小組則持不同看法，認為雖然受刑人得以被保險人身分得到健保之醫療服務，但仍須接受監所管理體系之約束，並未能完全如一般人享有充分就醫的自由，如果與一般人繳交保費的義務相同，仍會有權利與義務不對等之情形。而且矯正機關依然有提供受刑人醫療的責任，二代健保規定由中央矯正主管機關及國防部全額補助受刑人保費，只是將現行由矯正機關提供受刑人醫療之責任，轉移為替其負擔健保費之形式，與現況大致相符。
至於受刑人應屬於哪一種納保類目，健保小組認為所有受刑人皆應一視同仁，歸屬同一類目，不宜再因身分特殊性而有不同的保費繳交義務。