釣魚台情勢持續升溫之際，馬總統在任內首度到距離釣魚台僅140多公里的彭佳嶼視察，表達捍衛國家領土主權的堅定立場。
他發表談話時表示，彭佳嶼面積1.14平方公里，只有釣魚台1/4，南距基隆33浬，往東76浬就是釣魚台列嶼。彭佳嶼是距離釣魚台最近的台灣附屬島嶼。
在行政上，彭佳嶼屬於基隆市中正區，釣魚台列嶼則屬於宜蘭縣頭城鎮大溪里；在地質上，兩島都是位於東海大陸礁層邊緣的火山島嶼，與台灣北部的觀音山、大屯山一脈相連；這些火山島隔著水深達2717公尺的沖繩海槽與琉球群島相望。
馬總統說，彭佳嶼、釣魚台和對面琉球群島的地質截然不同；在資源上，兩島及附近水域，都盛產鯖魚、鰹魚與參魚，都是台灣東北區漁民超過百年的大漁場；因為季風與洋流的關係，台灣漁民來此較方便，琉球漁民則較少逆風頂流到此捕魚。
他表示，日治時期，日本總督府曾在民國9年（1920年，大正9年）正式將釣魚台列嶼周邊海域，劃為台灣漁民「鰹魚漁場」；5年後（民國14年、1925年、大正14年），總督府出版的「臺灣水產要覽」再度公告釣魚台列嶼為台灣的「重要漁場」。
但在1970年代釣魚台列嶼爭議發生後，總統說，台灣漁民在這個海域作業，就常受到日本海上保安廳船艦干擾，漁獲量大減。
馬總統說，以民國100年為例，釣魚台列嶼海域的漁獲量（3400噸），不到北方三島海域（7萬7000噸）的5%。
「最近聽到不少民眾反映：中華民國是對日最友好的國家，日本為什麼要干擾台灣漁民在他們傳統的漁場捕魚？」馬總統說，這個問題確實值得深思。