二○○五年八月十日，陳水扁在國防部長李傑、海巡署長許惠佑等人陪同下，搭乘直升機前往彭佳嶼主持揭碑儀式。隨後攀上制高點遠眺北方三島及釣魚台列嶼，展現捍衛我國領土主權及海域疆界的意志與決心。
當時陳水扁毫不諱言，外界一定會將他視察彭佳嶼的動作，與釣魚台問題聯想在一起；但針對釣魚台問題，政府的立場十分清楚堅定，且從未改變，「釣魚台列嶼的領土主權當然是屬於台灣的，這一點完全無庸置疑。」
儘管事隔七年，扁馬兩人對釣魚台爭端的態度幾乎完全一致。陳水扁當時主張，將台日兩國因釣魚台衍生出的漁權糾紛，與主權爭議脫鉤處理。他也強調，台灣做為一個崇尚自由、民主與和平的國家，有責任依循國際法慣例，透過協商談判處理國際爭議，而非發動單方面的抗爭行動；積極強化互動溝通，也一定有助化解台日雙方長期存在的歧異。