十二年國教實施後，現行國中基測將走入歷史，升學管道只剩「免試入學」和「特色招生」兩項。「免試入學」管道中，部分申請人數大於招生名額的高中職，將進行「超額比序」，國中會考即是比序的項目之一。
以學生數最多、競爭最為激烈的基北區為例，國中會考占30%，許多家長擔心會考成績，將成為錄取高中職的關鍵，紛紛把孩子送進補習班。媒體也大篇幅報導「拼精熟才有選擇權」、「會考落點怎麼抓」反映對十二年國教的憂慮。
全國教師工會總聯合會理事長劉欽旭表示，按照目前的作法，的確會考拿不到「精熟」（三級中的最高級），就難搶到明星學校的門票。十二年國教上路後，短期內民眾對高中職的「均優質化」仍有疑慮，仍想擠進建中、北一女。把會考當作基測、聯考翻版的觀念，一時難以扭轉。
劉欽旭表示，要避免十二年國教走偏，教育部應努力證明，優秀學生到了社區高中職，3年後仍能考上不錯的大學，「如果民眾還是維持現在的價值觀，用舊方式看待會考，十二年國教就可以宣布完蛋了。」
全國家長團體聯盟理事長吳福濱表示，現行超額比序的設計，難免會讓人憂慮，建議教育部應設定國中會考的「落日條款」，幾年後就不再以會考成績做比序。
「如果沒落日條款，補習班就會一直掐住大家一直想著『精熟』的想法。」吳福濱認為，會考原始用意是檢定學習成效，方便學校做補救教學，現在卻被明星高中當作篩選學生的工具，「設計原意都走調了。」
根據台師大心測中心設計，國中會考答對85%的題目可拿到「精熟」級，能拿到五科「精熟」的人，約只有5%至8%。吳福濱建議放寬「精熟」的認定，引導教育邁向正軌。
從聯考、基測到十二年國教、免試入學，台灣教育改革一路走來，仍難避免透過考試「篩選」學生的觀念，國中生一心一意考上好高中，當「小綠綠」或「紅樓才子」，走在路上也有風。
十二年國教挑戰了沿襲已久的國中教學方式，意在讓菁英學生平均分散在各個社區。但家長、學生若仍抱持著考試升學、拚前幾志願的觀念，無論是「基測」還是「會考」，大家仍會把它當「聯考」考、當「聯考」補。
教育部長蔣偉寧曾說，如果每個人心中第1到第20個志願都一樣，那就一定要比。十二年國教的關鍵在於高中職「均優質化」，如果每個人家旁邊都有不錯的學校，志願就會不太一樣，斤斤計較會考成績、超額比序，都會變得毫無意義。