國民黨主席馬英九表示，海巡署成立以來船艦老舊，只能勉強維持海巡任務，但於2008年6月出動9艘艦艇保護保釣船「全家福號」，到距離釣魚台0.4浬處，一戰成名。之後，他指示海巡署增加船艦，目前預計於2017年全部到位，加入巡防行列。
馬英九相當肯定海巡人員的工作，除了保衛海疆，也要查緝海上走私，更要保護所有合法出海作業的漁民。他更指出，釣魚台自古以來是台灣漁民經常打漁的地方，不論是洋流、季風都比較順，甚至還能避風，古代官方出版物上都有記載，也因此增加海巡署的作業量。馬英九說：『(原音)海巡署必須要維護漁民安全，必須要保障他們的權益。我們不是幾年偶爾去一次，而是年年都要去，每個月都要去，尤其是在漁季的時候，幾乎每天都要去，這點是非常辛苦的。』
另外，關於南沙群島的最大島─太平島，馬英九表示，太平島的機場跑道被海水侵蝕，碼頭也損壞，政府在未來幾年中，一定會撥款進行維護。對於日前國安會秘書長胡為真親自到太平島視察，並到中洲礁升旗宣示主權，馬英九也肯定海巡署提供的相關協助。