2012年總統大選期間，蘇嘉全農舍爭議引發諸多討論，監察院受理陳情後立案調查，3日舉行審查會通過彈劾蘇嘉全。

查案監委陳永祥3日表示，蘇嘉全的妻子洪恆珠購買農業用地、興建農舍，但農地未被當作農業使用，不符「農業發展條例」的相關規定，且在農地內興建祖墳，部分侵佔公有農牧用地。陳永祥表示，蘇嘉全曾擔任屏東縣長、內政部長和農委會主委，熟知農業土地等相關法規，卻藉特權之便，讓洪恆珠名下的農業用地興建豪華農舍，當成自家別墅使用，違法失職事證明確。

陳永祥說：『(原音)他太太買農地蓋農舍，蓋成這樣農舍，沒有做農業真正使用，與他責任不可以切開來看，為什麼？因為他本人、他子女，甚至他媽媽也住在這裡面，如果今天不是他做這麼大的官，同樣一個case要通過也沒有那麼容易。』

彈劾案文並指出，調查期間，監院曾於今年5月28日約詢蘇嘉全到院說明，但蘇嘉全以興建農舍、祖墳和公職無關；農舍爭議是政治事件，以及監院應該先調查其他不法農舍為由，拒絕到監察院釐清案情。

查案監委葛永光強調，外界對於監院辦案有疑慮，但監院受理陳情之後，依法立案調查，如有必要會提起彈劾，並無政黨色彩分別。蘇嘉全彈劾審查會主席葉耀鵬也表示，本案以6票對4票通過，可見仍有不同意見的監委，監察院辦案不受政治因素影響。