針對釣魚台爭議，馬英九總統3日出席外交部外交及國際事務學院揭牌儀式時表示，他日前提出「東海和平倡議」，一方面是堅持主權在我，另一方面也希望在相關各方有共識的情況下，能擱置爭議、和平互惠、共同開發。總統說：『(原音)主權是不可能有任何的讓步，一寸都不讓。但是如果大家都有共識，不是我們片面的主張，我們才能夠進行和平的協商。』
至於外交工作與兩岸關係之間的關連，總統認為兩者要能形成良性循環，希望能進一步拓展台灣的國際空間，總統說：『(原音)兩岸關係原來是對外關係的負債變成資產，把原來兩岸關係跟國際關係之間的惡性循環變成良性循環，這些目標都有了相當進展。當然要真正能夠完全實現還是非常不容易，畢竟兩岸還是有一些基本的歧異存在。』
此外，在台美關係部分，總統指出，在美牛進口問題解決之後，台美貿易暨投資架構協定(TIFA)應該在年底前會有所進展，美國免簽待遇應該也可以在今年完成。