央行指出，合作備忘錄的內容包括(1)建立兩岸貨幣清算機制架構，由雙方各自同意一家貨幣清算機構，按照雙方法規，為對方提供給方的貨幣結算及清算服務，同時使兩岸金融機構可互開相應幣種代理帳戶辦理多種形式結算業務；(2)對貨幣清算機構管理合作，如訊息交換和保密、業務檢查以及危機處置的連繫機制等。
彭淮南進一步表示，這次簽訂兩岸貨幣清算合作備忘錄「是人民幣清算業務的起步」，後續還有許多步驟要走，尤其必須儘快建立清算行，因為假如沒有建立清算行，此MOU無法啟動，台灣央行方面會盡最大努力和對岸協商，期望盡快推出這項業務，但請大家了解，「事涉兩岸，時程非我方所能完全掌握」。
彭淮南也舉例，香港金融管理局與大陸人行於2003年11月19日簽署諒解備忘錄後，直到2004年2月25日香港人民幣清算服務才正式啟動，因此，無法給明確答案說今年底前能夠完成清算行的確立。