法務部表示，根據醫療專業檢查診療結果，陳水扁病況不符合保外就醫的條件，而能以在監醫療、戒護外醫等方式處理。基於維護國家刑罰執行的正義與公平，審核保外就醫時依法行政，不容政治力介入。況且保外就醫是法律與醫療專業問題，而非政治問題，不應以政治理由來處理。
根據監獄行刑法第58條規定，受刑人現罹疾病，其戒護就醫或移送病監治療期間，視為在監執行可算入刑期；但受刑人保外就醫期間，不管其在醫院治療或在家休養都不算入刑期。
法務部說，受刑人不管是戒護就醫或移送病監，都處於監禁狀態，無人身自由；然而，保外醫治期間，受刑人可自由活動，不算入刑期，因此保外醫治不能浮濫，否則就形同變相假釋。