馬英九總統27日接受中央通訊社專訪時表示，外界往往誤以為保外就醫就是戒護就醫，但實際上兩者並非同一件事。他指出，保外就醫其實就是「醫療假釋」，出來之後就自由了，所以一定要符合相關規定。總統：『(原音)保外就醫，法律上叫做「保外醫治」，英文叫做「medical parole」，就是醫療的假釋，也就是說他出來後其實就自由了。他也可以在醫院、也可以在家裡，那等於說就是「放了」，只不過是醫療的原因，那這個原因就一定要非常、非常嚴重，沒有辦法在監獄裡執行，才能夠符合這個標準。』
總統強調，保外就醫是法律和醫療問題，不是政治問題；保外就醫不能以政治因素考量，一定是因為人道，「一定要由醫生會診，認為在監獄裡面沒有辦法提供治療」，才能夠保外就醫。
對於台北市長郝龍斌日前呼籲讓陳水扁保外就醫，以弭平社會裂痕，總統認為，法務部不會考慮這個因素，他也不能下令為了政治因素就不考慮醫療因素，「這是不對的」。