農損補助方面，行政院表示，已指示相關部會依據總統馬英九「認定從寬、手續從簡、查報從速」的處理原則，儘速查報農損情形，由中央全力支援，並依據「農業天然災害救助辦法」公告救助地區、農產品項目、生產設施及救助額度，辦理現金救助及低利貸款。
台東大武、綠島等地房屋受災嚴重，行政院說，依據災害防救法及風災震災重大火災爆炸災害救助種類及標準的規定，房屋毀損的民眾，每戶每人可發放新台幣2萬元安遷救助金，每戶以5人為限，每戶最高發放金額10萬元。
行政院表示，住戶淹水救助每戶最高發給2萬元救助金，相關經費由災害發生地的縣市政府編列預算支應；水災災害特別嚴重時，經中央災害防救業務主管機關報行政院核定者，得酌增救助、補助。
行政院說，申借貸款的農民或漁民應自公告的隔天起10天內，依實際受害情況，向鄉鎮市區公所申請核發農業天然災害受災證明書，並在證明書核發隔天起15天內，檢附證明書及「農業天然災害復建及復耕計畫書」向貸款經辦機構提出申請。