東港是漁業重鎮，漁民每天出入港口都得經過安檢，有時船上帶1、2箱中國人參，一些冷凍石斑魚等雜貨，漁民認為這些都是自用或贈送親友的物品，並沒有販賣行為，但只要被海巡署安檢人員查到，不是開出勸導單就是要沒收送辦，讓漁民相當火大。
此外，有時候漁民趕著進出港，卻因為安檢人員逐箱逐櫃搜查，不但時間被延誤，也讓漁民心情很不爽，造成東港、鹽埔安檢所間經常發生衝突案件，漁民包圍安檢所抗議，最後還得動用民意代表、東港區漁會等地方人士出面協調。
梧棲漁港正吉義號船長郭成表示，自己有50年捕魚經驗，最氣被當成「賊船」看待，有時在外海不檢查，到了內海漁港才檢查，實在很擾民；現在油價大漲，政府補貼有限，漁民慘兮兮，卻還要忍受被質疑的眼光，政府有必要檢討現行安檢措施。
而最為漁民詬病的，通常都是安檢人員蓄意刁難，故意在漁民急著出海作業時，拖慢整個安檢程序，直到他們安檢不能超過的40分鐘之前為止，難免引起漁民反感。
東港區漁會認為，海巡署安檢人員應該多與漁民溝通，讓安檢符合情理，不要太過僵化，才能降低與漁民的衝突，保持良好關係。