大肚山標高最高的三角點僅三百一十三公尺，從山稜線至海岸線，區區數公里，百年強降雨一發生，強大地表逕流水短時間入海；加上海線區域排水多是僅約二、五年至十年防洪頻率，若淤積未清，且出海口欠缺抽水站、水門排水量能不足等問題，大淹水便無可避免。
海線地區民眾也指出，四十年來，地形地貌諸多改變，譬如國道三號開闢、山坡濫墾盜採砂石、特三號道路開闢，都影響水文系統；且縣府時代山區排溝上游水土保持和中下游養管單位不同，形成權責不清，南山截水溝計畫是否依現況檢討，令人關切。
市議員黃錫嘉另指出，南山截水溝擬透過梧棲排水、安良港排水、山腳排水分洪，主線則沿山腳大排進入大肚溪，不過卻遇到跨越台鐵鐵道、六十米中華路等道路，橋樑恐都面臨改建，出海口甚至還有迴水引發的淹水問題。
黃錫嘉認為，大肚山開發快速，就是造成水患主因之一。這次連罕見淹水的龍目井地區都水淹大腿深，呼籲市府治水要有整體思維，結合都發局、經發局、建設局等單位，從都市整體經營角度談治水，不是把南山截水溝當萬靈丹，頭痛醫頭。